新用户在使用笔记软件时，往往重剪辑查询，轻整理组织。在这类行为习惯的转变过程中，笔记的组织结构相当重要。通常来说，一则笔记有笔记本、标签、自定义标签、索引、关键字等属性，而新用户用的较多的只有关键字和标签这两个属性，甚至标签也是作为关键字使用。这样对于一个只需录入和查询静态的知识库来说固然足够，但作为一个在使用过程中可以不断完善和进化的信息系统来说，是远远不够的。结合《Evernote超效率数字笔记术》中的心得和自己的使用经验，个人 Evernote 的信息组织结构如下：
笔记本设置
UPDATE:该部分所述 Evernote 的组织结构已变更，详见 使用 Evernote 构建桌面 GTD 系统
个人将笔记本分成了由00-90为序号的笔记本（组），列表如下（为叙述直观使用中文名称）
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命名原则
将行动组与资料组分开并一一对应，如02数码便签-20数码，相应资料组视笔记数量和使用习惯确定是否从笔记本转为笔记本组。（序号的一个用途是笔记本（组）排序，另外一个重要用途是快捷操作，下一篇中展开）。
命名依据
剪辑或新笔记本默认位于便签组；近期需要处理或应用的笔记置于行动组；处理完毕或短期内不再使用的移至资料组，工作完成或长期不再使用的移至归档组。
应用举例
新剪辑内容默认置于 01.默认标签 笔记本，初步处理后将其移动至 02.数码标签 笔记本，深度处理后将其移动至20.数码，之后视情况决定是否移至90.归档。
标签
作为笔记本属性之外唯一的原生分类，标签用作内容索引的话不仅浪费（自定义标签就可以做到这一点），而且因为数量重多，用起来既不方便也不直观。标签更重要的用途是在 GTD 方面，作为时效（!）、状态（#）、场景（$）等各类标记。
自定义标签
自定义标签即使用特殊的字符串组合作为搜索标记，好处是腾出默认标签用作 GTD 标记，字符串组合在编辑和搜索上也更方便。
需要注意的是，Evernote（包括印象笔记）目前的笔记内容搜索不支持特殊符号（即只能搜索中英文和数字字符）（！！），也不支持中英文混合（……）。
如 “丨tag” 这个字符串就无法整词匹配的搜索到，万幸它总算支持数字与英文组合，比如 “0tag” ，或者纯中文搜索，比如 “丨标签”（好吧，丨念shu，类似的怪胎还有丿pie、丶zhu……）。说到中英文标签的问题，纯中文的话有些词实在没法翻，纯英文的话这个词汇量……所以有些人（比如我）可以同时使用丨和0……
应用举例
在剪辑或新建便签后，顺手在笔记内随便什么地方加上“0tag”标记，在积累足够后搜索（或者在0默认便签1笔记本内搜索）“0tag”，找出符合要求的全部笔记，合并……
索引
索引也是一个 Evernote 的特色功能，直接以应用举例，继续上文，在0默认便签中的笔记都较短的情况下合并固然方便，但如果都是长文和内容比较系统的话合并就不是最好的做法了。
这个时候可以直接将其移至资料组，修改好能充分体现文字内容的标题，然后全选这类笔记，右键选择复制笔记内部链接，将资料目录粘贴至一则新笔记中，再命名添加自定义标签，这样一篇有针对性的可以继续充分自定义的笔记索引就做好了。